(В легенде о «отселении» синтоистских богов из царского дворца, относимом к правлению государя Судзин, видится аналогия такому процессу разделения сакральной и профанной сфер.) В период Дзёмон сформировался культ костей — представления о том, что духовная сущность («душа») человека после смерти заключена в наиболее трудноразрушимых костных останках, освобожденных от мягких тканей, легко подверженных тлению.

Несмотря на известное отставание в историческом развитии от Китая и даже Кореи, к середине I тысячелетия до н.э. (к концу периода Дзёмон) у насельников Японских островов уже сложилась достаточно развитая система верований (культы мертвых и плодородия, магия, фетишизм). Представления о переходе от жизни к смерти, о посмертном существовании человека, его возрождении проявились, в частности, в двустадийном погребальном обряде (с предваряющей стадией). В период Яёй начинает формироваться культ предков.